潔凈室工程客戶投資巨大，對穩定性要求極嚴，特別是電子行業中的IC半導體、光電等領域高科技廠房潔凈室工程項目，該領域的潔凈室屬于行業較高端領域，下游客戶對穩定性要求極高。這就使得潔凈室產業在電子行業中的發展受到極大的限制，目前來看，主要有三大難題，即資質難題、技術難題和資本難題，具體表現如下：
1、資質難題
潔凈室工程行業內企業均需要取得相關資質證書才能承攬業務，這是限制其他企業進入本行業的主要政策壁壘。
按照國家建設部及地方建設主管部門的相關規定，取得資質證書需要符合經營時間、注冊資本、承攬項目經驗、工程技術人員數量等的相關要求，新進入企業難以在短時間內獲得資質證書。
目前，蘇州蘇信環境科技有限公司具有機電安裝工程施工總承包一級資質、空氣凈化工程專業承包二級資質、建筑智能化工程專業承包三級資質、環保工程專業承包三級資質、建筑裝修裝飾工程專業承包三級資質、消防設施工程專業承包三級資質和對外承包工程資格。
2、技術難題
潔凈室工程行業在我國屬于快速發展的新興行業，潔凈室工程所涵蓋的技術水平和科技含量較高。除需具備潔凈室工程領域專業知識以外，還需掌握材料學、機械結構、化工、工程學等相關領域的知識，并熟悉潔凈室在不同行業中的應用。
因此，潔凈室工程的相關技術具有全面性、綜合性、實踐性的特點。尤其面向中高端市場需求的潔凈室工程在生產環境、工藝設計、設備選取、產能規模、生產裝備和檢測能力等方面均有著較高的要求。
隨著下游企業自身技術的發展以及生產工藝特殊性的逐漸顯現，其用戶的需求呈現個性化、多樣化、復雜化的趨勢，對潔凈室工程服務企業提出了更高的技術創新能力和研發能力要求，構成了本行業的技術難題。
3、資本難題
潔凈室工程對土地、廠房生產環境、生產設備及技術開發的投入要求較高，投資規模一般都非常龐大。
高等級潔凈室的建造費用很高，如ISO5級垂直單向流的潔凈室，其室內裝修（墻、頂、地、門、窗等）和空調凈化系統（包括制冷空調設備和管道配件、凈化設備和配件等）的初始投資大約為10,000元/平米；加上純水制備設備和系統管道、純氣發生和系統管、廢水治理設備和管道、消防系統、供配電和自控系統、真空清掃系統等，其單位面積的建造投資費用可能會高達25,000-30,000元/平米。
根據潔凈室工程行業特點，項目完成后的付款周期通常5-7個月，要維持正常的生產經營，潔凈室工程企業通常需要投入大量的營運資金作為工程保障。因此，新進入潔凈室工程行業的企業必須達到一定的資本規模、具備較強的資金實力及專業的采購能力，才可能與行業領先企業展開競爭。潔凈室工程行業中特別是高端市場存在著較高的資本壁壘。
電子行業中精密電子制造、IC半導體、光電等生產程序通常要求工廠保持不間斷生產，潔凈室出現故障將直接影響生產的順利進行，因此對潔凈室的穩定性與可靠性要求很高，所需潔凈室建造技術能夠達到在該領域建造高等級潔凈室的技術水平。
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