一、氣流組織
潔凈室的氣流組織與一般空調房間有所不同，它要求將最干凈的空氣首先送到操作部位，它的作用在于限制和減少對加工物的污染。為此，在設計氣流組織時應考慮這些原則：盡量減少渦流，避免將工作區以外的污染帶入工作區；盡量防止灰塵的二次飛揚以減少灰塵對工件的污染機會；工作區的氣流要盡量均勻，且其風速要滿足工藝和衛生要求，當氣流向回風口流動時要使空氣中的灰塵能有效的帶走。根據不同的潔凈度要求，選擇不同的送、回風方式。
二、送風量或風速
足夠的通風換氣量是為了稀釋和排除室內污染空氣，根據不同的潔凈度要求，當潔凈室凈高較高時，適當增加換氣次數。其中，100萬級潔凈室的通風量是按高中效凈化系統考慮[7]，其余均按高效凈化系統考慮；當10萬級潔凈室高效過濾器集中布置在機房或系統末端采用亞高效過濾器時，可適當提高換氣次數10-20%。
三、靜壓差
潔凈室維持一定的正壓是保證潔凈室不受或少受污染、以維持設計潔凈度等級必不可少地條件之一。即便是負壓潔凈室，它也必須有不低于它潔凈度級別地相鄰房間或套間維持一定地正壓，負壓潔凈室的潔凈度才能得以維持。
潔凈室正壓值是指門窗全部關閉狀態下，室內靜壓大于室外靜壓的數值。它是通過凈化系統送風量大于回風量和排風量的方法來達到。為了保證潔凈室正壓值，送風、回風和排風機最好聯鎖，系統開啟時先啟動送風機，再啟動回風機和排風機;系統關閉時先關排風機，再關回風機和送風機，以防止潔凈室在系統開啟和關閉時受到污染。
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