相關工藝復雜，技術風險大
潔凈室通常用于對環境要求較高、工業流程復雜的高科技行業，以及對人民群眾的生命健康造成威脅的醫療衛生和食品行業。
在潔凈室受控空間中，偶爾有一個大分子的出現，或者是一個細菌的產生都會對成品率和人民的生命健康造成巨大的影響。
例如，一個細菌如果得不到及時的處理，則可能在幾個小時之內就會形成一個大的菌落；而大粒子的出現則有可能造成一批次產品的報廢，嚴重的情況下甚至導致潔凈室的報廢。
而在氣流組織中，如果人員或半成品的流動造成了對潔凈室氣流的特殊擾動，就會打破潔凈室內部氣流平衡，引發各潔凈區域之間氣流的串擾，造成難以估量的損失。
設計和施工復雜，建造費用高
高級別潔凈室的建造費用很高，一般來說，優于 100 級（FS 209）單向流的潔凈室，其室內裝修（墻、頂、地、門、窗等）和空調凈化系統（包括制冷空調設備和管道配件、凈化設備和配件等）的初投資大約為人民幣 10000 元 /m2。
如果加上純水制備設備和系統管道，純氣發生和系統管道，廢水治理設備和管道，消防系統，供配電和自控系統，真空清掃系統，等等，其單位面積的建造投資費用高達 25000~30000 元 /m2。
如此高的建造費用，也未必保證潔凈室的百分百合格，在龐大的潔凈室系統和潔凈環境的設計和施工過程中，潛在的問題多，未能受控的污染源，譬如少量的微粒、輕微的氣流擾動、微小的震動都會導致整個潔凈室的環境失控。
潔凈室需經過空態、靜態和動態的驗收，任何一個環節都可能存在風險，同時，在工廠正式運作后，潔凈室出現問題的可能也很大。
因此，潔凈室工程行業企業面臨巨大的技術風險，以及后續潔凈室運行、維護和調試、檢測的壓力。
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