1、專業設計環節的缺失
設計是潔凈室施工和運行的基礎和前提，是極為重要的一部分工作，應由有潔凈室設計資質公司的專業設計人員承擔。
許多企業對設計和施工的關系不理解，往往重施工輕設計，同時出于降低費用考慮干脆就省略設計環節，由施工單位一并代勞。
而施工人員大多不具備專業設計水平，加上對醫療器械行業要求不了解，出現上述諸多問題就不足為奇了。
2、利益因素的影響
目前從事潔凈工程施工的單位很多，為了中標大家互相壓價，加上甲方（廠家）對凈化也不是特別了解，只能大概提出一些要求，然后就考慮價格問題了。
于是，低價中標的施工單位為降低成本，減小凈化面積，盡量壓縮輔助用房，個別企業甚至簡化到就一個送潔凈風的操作間。
另一方面，施工方為加大保險系數成倍提高風機風量，通過提高換氣次數提高潔凈度級別，往往提高幾倍甚至一個數量級，大大增加了日后的運行維護費用。
3、解決途徑
選擇資質的設計和施工單位。
良好的設計和施工既可以達到生產相應產品的環境要求，同時可以節約能源降低運行成本，從長遠來看企業是獲益的。
潔凈室設計應做到順應工藝流程、合理選擇各類設備和裝置、盡力實現人流和物流的順暢短捷、氣流流型選擇得當、凈化空調系統配置合理、各種特殊要求的技術措施得當，潔凈廠房的平面、空間布置合理，從而實現可靠經濟運行的潔凈廠房設施。
目前，具有潔凈室設計資質的公司較多，企業可以比較選擇，確定以后應將產品工藝要求明示對方，同時簽訂合同。
設計一般可參照《潔凈廠房設計規范》（GB50073-2001）和《無菌醫療器具生產管理規范》（YY0033-2000）。
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